[2012/6/20 追記]
geditが化ける問題は以下にて
ubuntu12.04 (64bit) geditの文字コード自動判別 [備忘録]
12.04にしてから、格納されているファイル名がsjisのzipファイルを展開すると文字が化ける問題が起きていました。
japanese team リポジトリの追加を行ったあとでも発生しているのでいろいろ試したところ、
10.04の時の文字化けと同じ対処法であるp7zip-fullを削除すれば文字は化けなくはなりました。
12.04標準のFile Rollerは、”fullでない”p7zipが残っていてもunzipを使うようです。
あとは、展開時に書庫名のディレクトリを作るか作らないかの違いがあるのでそこだけ解決すれば完璧。